基于600K SNP芯片技术对宁海黄鸡和广西黄鸡生长及屠体性状的全基因组关联分析

• 作者: 卢磊 姜俊保 尹兆正 曹海月 毛海光 董信阳 谭雨革 马有智
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 全基因组关联分析(GWAS) 单核苷酸多态性 生长和屠体性状 宁海黄鸡 广西黄鸡
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1434-1444
• 页数: 11页
• 分类号: S831.2
• 字数: 5544字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.08.011

摘要

全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是一种在基因组水平上进行复杂性状功能基因鉴定的分析策略,已成为发掘畜禽重要经济性状候选基因的重要手段.本研究利用高密度(600K) SNP芯片,通过一般线性模型对宁海黄鸡(Gallus gallus domesticus)和广西黄鸡两个地方品种的生长和屠体性状进行了GWAS.结果 显示,这两个品种鸡3、5、8和11号染色体上的4个SNP位点(rs313150871,rs314661053,rs313314400和rs314694861)及2、5、9号染色体上的3个SNP位点(rs313989383,rs317888074和rs313384732)分别与其生长性状和屠体性状显著相关(P＜0.05).其中,在5号染色体上11.80 Mb区间的1个SNP位点(rs317888074)与半净膛重和全净膛重显著相关(P＜0.05),8.98～11.80 Mb之间的1个区间与0周龄重、半净膛重和全净膛重显著相关(P＜0.05).本研究初步筛选出了与宁海黄鸡和广西黄鸡生长性状相关的4个候选基因:肾上腺髓质素(adrenomedullin,ADM)、ATP/GTP 结合蛋白样4 (ATP/GTP binding protein like 4,AGBL4)、激活信号协整器1复合体亚基3(activating signal cointegrator l complex subunit3,ASCC3)和Wilms肿瘤1互作蛋白(wilms tumor 1 interacting protein,WTIP)基因,以及与屠体性状相关的3个候选基因:磷脂酰肌醇-4-磷酸3-激酶催化亚基2型α(phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase catalytic subunit type 2 alpha,PIK3C2A)、丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶13 (mitogen-activated protein kinase kinase kinase 13,MAP3K13)和LOC10174362(未表征的基因),为深入揭示性状遗传效应及标记辅助选种提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马有智	浙江大学动物科学学院	32	385	10.0	19.0
2	董信阳	浙江大学动物科学学院	8	48	3.0	6.0
3	尹兆正	浙江大学动物科学学院	52	662	15.0	24.0
4	毛海光	浙江大学动物科学学院	8	4	1.0	1.0
5	姜俊保		13	11	2.0	3.0
6	卢磊		7	0	0.0	0.0
7	谭雨革	浙江大学动物科学学院	3	0	0.0	0.0
8	曹海月	浙江大学动物科学学院	5	3	1.0	1.0