黄花蒿rbcL基因电子克隆、生物信息学及适应性进化分析

• 作者: 杨晓兰 杨青松 熊勇 赵春艳
• 来源期刊: 生物技术
• 学科: 医学
• 关键词: 黄花蒿 rbcL基因 电子克隆 生物信息学 适应性进化分析
• 年，卷（期）: 2014,（6）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 50-56
• 页数: 7页
• 分类号: Q785|R318.04
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-311X.2014.06.0137-7

摘要

[目的]运用电子克隆的方法获得黄花蒿中rbcL基因,并对该基因进行生物信息学及适应性进化分析,获得氨基酸正选择位点及其空间结构特征.[方法]以短葶飞蓬rbcL基因为种子序列(探针,Genbank登录号为:KF482865.1),对黄花蒿的EST数据库进行搜索,应用相关的生物软件进行拼接、组装,利用PAML程序检测其rbcL基因的适应性进化.[结果]获得一个rbcL基因的cDNA序列重叠群,该重叠群长为1 832bp,包含一个完整的长为1 461bp的开放阅读框,共编码486个氨基酸,且与菊科的其他植物的rbcL基因具有较高的同源性,适应性进化分析在rbcL蛋白上有两个氨基酸正选择位点(249S和449T).[结论]电子克隆获得的cDNA序列为完整的黄花蒿rbcL基因全长cDNA,黄花蒿对生境的适应可能与rbcL蛋白大亚基正选择位点空间结构有关.