海洋生境刀鲚菌群PCR-DGGE指纹图谱构建及分析

• 作者: 张勇 徐钢春 杜富宽 程起群 聂志娟 顾若波
• 来源期刊: 海洋科学
• 学科: 农学
• 关键词: PCR-DGGE 菌群 刀鲚(Coilia nasus) PCA
• 年，卷（期）: 2014,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 63-69
• 页数: 7页
• 分类号: S917.1
• 字数: 4063字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11759/hykx20130925003

摘要

为了分析海洋生境刀鲚(Coilia nasus)体内及生长环境菌群结构,作者采用免培养16S rDNA 的PCR-DGGE 指纹图谱技术,对刀鲚鳃、肠道壁、肠道内容物及水体环境中的菌群结构进行了对比分析。结果表明：变性梯度为35%~55%、浓度为8%的聚丙烯酰胺凝胶,150V 60℃下电泳10 h, DGGE带谱的分离效果较好；刀鲚鳃、肠道壁、肠道内容物及水体样品指纹图谱上分别显示出24、19、14和29条信号强度不同的条带；相同样品重复组细菌结构相似度在80%以上,差异不显著；不同样品之间,刀鲚鳃与海水聚为一支,具有较高的相似度为52%,肠壁与肠内容物相似度为41%。样品菌群主要以未培养菌为主,主要包括变形菌、放线菌和厚壁菌。本文首次成功构建海洋生境刀鲚菌群16S rDNA 的PCR-DGGE 指纹图谱。