类植物乳杆菌L-XM1 plnBCD基因的生物信息学分析

• 作者: 张香美 李平兰
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 类植物乳杆菌 生物信息学分析 同源建模 群体感应系统
• 年，卷（期）: 2014,（3）
• 页码范围: 175-179
• 分类号: Q936
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2014.03.24

摘要

为了解类植物乳杆菌L-XM1 plnBCD编码蛋白的生物学特性,并推测其功能,综合运用RPS-Blast、InterProscan和TMHMM Server等多种生物信息学软件预测分析plnBCD编码蛋白的理化性质、疏水性、磷酸化位点、保守性功能域及二级结构,并用Swiss-model同源建模.结果表明:plnB编码蛋白为疏水性蛋白,定位于细胞质膜上,有6个跨膜区、21个磷酸化位点和1个HATPase_c结构域,具有大多数组氨酸蛋白激酶的基本性质.其二级结构以α-螺旋和延伸链为主要构件,其空间结构与组氨酸蛋白激酶的结构特征一致.plnC及plnD编码蛋白均为亲水性蛋白,不具有跨膜区,定位于细胞质中,均具有1个REC和1个LytTR结构域.plnC及plnD编码蛋白与感应调节蛋白的空间结构具有较高的相似度.推测菌株L-XM1 plnBCD基因编码蛋白为群体感应调控系统组分.对plnBCD基因的生物信息学分析的研究可为发现新的群体感应系统和深入研究群体感应系统各组分的功能提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李平兰	中国农业大学食品科学与营养工程学院	190	2380	26.0	39.0
2	张香美	河北经贸大学生物科学与工程学院	49	306	11.0	15.0