基于16S rRNA基因克隆文库技术分析广西富钟水牛瘤胃产甲烷菌组成及多样性

• 作者: 李丽莉 李舒露 杨承剑 杨炳壮 梁贤威 梁辛 邹彩霞 韦升菊
• 来源期刊: 动物营养学报
• 学科: 农学
• 关键词: 富钟水牛 瘤胃 产甲烷菌 多样性
• 年，卷（期）: 2014,（12）
• 所属期刊栏目: 反刍动物营养
• 页码范围: 3635-3642
• 页数: 8页
• 分类号: S823
• 字数: 4094字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-267x.2014.12.012

摘要

本研究旨在利用16S rRNA基因克隆库技术分析广西富钟水牛瘤胃产甲烷菌组成及多样性。选取3头体况基本一致的健康雌性富钟水牛作为试验动物,采用机械破壁法提取瘤胃内容物总DNA,采用产甲烷菌引物Met86F/Met1340R扩增16S rRNA基因,构建16S rRNA基因克隆文库。结果表明,本试验共获得93个非嵌合体16S rRNA序列,按照97%的相似性划分为39个分类操作单元( OTU)。其中,60个序列(15个OTU)与已培养细菌16S rRNA序列相似性≥97%,占总序列的64.5%；32个序列(23个OTU)与已培养菌16S rRNA 序列相似性处于90%~(<97%)；仅有1个序列与Methanomassiliicoccus luminyensis相似性<90%。系统发育树分析表明,98.9%的序列均属于甲烷杆菌目( Methanobacteriales),部分序列与Methanobacteriales中任何已知相似序列都相隔较远,它们可能代表Methanobacteriales中新的属或种。由上述结果可见,富钟水牛瘤胃产甲烷菌以Methanobacteriales为优势菌群,其中有许多未知的产甲烷菌需进一步分离培养并对其功能进行分析。