不同基因型丙型肝炎病毒E 1、E2蛋白生物信息学分析

• 作者: 余克花 刘金辉 夏方娜 李晓瑶 杨小平 邹淑慧
• 来源期刊: 南昌大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 丙型肝炎病毒 E1 蛋白 E2 蛋白 生物信息学 蛋白结构
• 年，卷（期）: 2014,（7）
• 所属期刊栏目: 【基础医学】
• 页码范围: 17-21
• 页数: 5页
• 分类号: R512.6+3|R393
• 字数: 2828字
• 语种: 中文

摘要

目的：对不同基因型的丙型肝炎病毒（HCV）的 E1、E2蛋白进行生物信息学比较分析，以找出重要的生物信息学数据。方法从 Gene Bank中获取不同基因型 HCV的 E1、E2蛋白核苷酸与氨基酸序列，运用 DNA Star， ClustalX，Bio Edit等国际通用的软件进行氨基酸和核苷酸的序列比对，计算核苷酸和氨基酸同源性。在线软件TMHMM v2．0分析 E1、E2蛋白跨膜区。AntheProt5．0软件分析二级结构。结果 E1氨基酸起始于 aa 193-aa 196和终止于 aa 382-aa 383，E2蛋白氨基酸起始于 aa 384和终止于 aa 744-aa 754。不同基因型间 E1、E2蛋白基因核苷酸同源性为59．7％～77．0％，氨基酸同源性为60．6％～82．8％。E1、E2蛋白存在3个跨膜区：E1存在2个跨膜区，位于 aa 273-aa 293和 aa 363-aa 383；E2蛋白存在1个跨膜区，位于 aa 723-aa 744。二级结构分析发现不同型 HCV E1、E2蛋白富含α螺旋（21％～30％），β折叠（26％～36％）和卷曲结构（43％～48％）。结论HCV E1、E2核苷酸和氨基酸序列表现为较大的异质性，其蛋白跨膜区富含α螺旋，胞外区以β折叠为主。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘金辉	南昌大学医学院微生物学教研室	47	131	7.0	9.0
2	余克花	南昌大学医学院微生物学教研室	39	134	6.0	9.0
3	夏方娜	南昌大学医学院微生物学教研室	7	7	2.0	2.0
4	邹淑慧	南昌大学医学院微生物学教研室	10	16	3.0	3.0