番茄斑萎病毒属病毒非结构蛋白NSs的生物信息学分析

• 作者: 张仲凯 方琦 苏晓霞 董家红 郑宽瑜 郑雪
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 番茄斑萎病毒属 非结构蛋白 NSs 生物信息学
• 年，卷（期）: 2014,（2）
• 所属期刊栏目: 植物保护·土壤肥料
• 页码范围: 646-651
• 页数: 6页
• 分类号: S436.412
• 字数: 3188字
• 语种: 中文

摘要

番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息.从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1％;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSlTE对NSs进行模体预测分析,结果显示Tospovirus病毒NSs共有的蛋白修饰:C蛋白激酶磷酸化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化和N-酰基化.此外,不同种的Tospovirus病毒NSs模体也表现出了多样性的特点.预测结果为下一步研究NSs功能奠定了基础.