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风疹病毒E1蛋白与受体结合特定结合域的预测
风疹病毒E1蛋白与受体结合特定结合域的预测
作者:
刘晓凡
林杰
窦强
邢家强
魏至栋
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
风疹病毒
E1蛋白
三维结构
同源模建
分子对接
摘要:
目的 同源模建E1蛋白及其受体髓鞘少突胶质细胞糖蛋白(myelin oligodendrocyte glycoprotein,MOG)的三维结构,应用分子对接的方法预测E1蛋白与其受体MOG的候选结合氨基酸残基.方法 采用MODELLER程序预测E1蛋白及其受体MOG的三维结构,并应用CASTp server进行活性口袋的预测;采用ProtScale进行疏水性分析,应用基于隐马尔可夫模型(HMM)算法的SMART程序搜索蛋白序列的motif;采用PyMOL-APBS软件设计E1蛋白及其受体MOG分子的腔介质结构,分析其表观静电势,应用PLATINUM程序进行分子对接,寻找其结合位点.结果 E1蛋白由3个结构域组成,其中D1、D3处于结构的底部,形成一个大的口袋,C-末端与D2的一侧形成另一个大的口袋,其余口袋主要集中在D2上半部的融合面中;MOG的结构模型为8个反平行的β折叠组成的一个β折叠桶,预测结构的主链构象的所有氨基酸均处于允许区.在MOG N-末端1~17位的氨基酸残基形成一个motif(low complexityregion),46~ 127位的氨基酸残基形成了一个motif V型免疫球蛋白样结构域(Immunoglobulin V-Type,IGv);lowcomplexity region段氨基酸残基表现为强疏水性.MOG N-末端的5个残基基序及ARG101 ~ GLU107构成的β转角共同形成一个突起的结构,插入到E1蛋白的活性口袋中,与口袋中的ALA86、TYR90、TYR101、PHE102、ASN103、GLY 105、SER107、TYR109、ALA122、PHE123、HIS125、SER 126相互结合.结论 应用计算机模拟技术预测了E1蛋白与其受体MOG结合的特定结合域,为今后进一步研究其相互作用奠定了基础.
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文献信息
篇名
风疹病毒E1蛋白与受体结合特定结合域的预测
来源期刊
中国生物制品学杂志
学科
医学
关键词
风疹病毒
E1蛋白
三维结构
同源模建
分子对接
年,卷(期)
2014,(6)
所属期刊栏目
基础研究
研究方向
页码范围
756-760
页数
分类号
R373.1+1
字数
语种
中文
DOI
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作者信息
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姓名
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魏至栋
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刘晓凡
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窦强
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邢家强
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林杰
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风疹病毒
E1蛋白
三维结构
同源模建
分子对接
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研究来源
研究分支
研究去脉
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期刊影响力
中国生物制品学杂志
主办单位:
中华预防医学会
长春生物制品研究所有限责任公司
出版周期:
月刊
ISSN:
1004-5503
CN:
22-1197/Q
开本:
大16开
出版地:
长春市西安大路3456号
邮发代号:
12-128
创刊时间:
1988
语种:
chi
出版文献量(篇)
5980
总下载数(次)
27
总被引数(次)
20856
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