玉米Dof转录因子家族的全基因组鉴定与分析

• 作者: 吕远大 张体付 张晓林 李坦 葛敏 赵涵
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米 Dof 转录因子 基因家族 氮
• 年，卷（期）: 2014,（23）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 4533-4542
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.23.002

摘要

【目的】全基因组水平鉴定并解析玉米Dof（DNA binding with one finger）基因家族。【方法】基于玉米V3基因组数据鉴定玉米Dof基因家族，并从基因的结构、系统发育关系、染色体的位置分布、玉米不同组织和不同生理发育阶段基因的表达谱以及在充足氮（sufficient nitrogen，SN）和低氮（limiting nitrogen， LN）条件下V3期叶组织基因的差异表达5个方面分析玉米Dof基因家族。【结果】玉米参考基因组中存在46个Dof 结构域基因，命名为 ZmV3Dof1—ZmV3Dof46。通过系统发育关系和序列相似性将该基因家族分为8个亚类（Subgroup）S1—S8，每个亚类有3—8个Dof基因。通过分析该家族染色体分布，发现玉米10条染色体，除Chr.9外，均有Dof基因的分布，其中，在Chr.1上分布最为密集，有12个ZmV3Dofs；在Chr.5和Chr.3上分布次之，分别为8和7个ZmV3Dofs；在其他染色体上则分布较少，此外，Dofs在Chr.1的底部、Chr.5的顶部和底部分布密度相对较高。表达谱分析结果表明，Dof基因家族成员在不同组织及不同发育阶段均有差异表达，预示不同Dof基因功能的多样性以及在植物发育过程中扮演着不同角色，且同一亚类Dof基因表达模式存在一定程度的相似性。此外，玉米Dof基因家族对氮响应较为敏感，充足氮（SN）和低氮（LN）条件下，V3期叶组织基因的RNAseq表达结果显示35个Dof基因在2种氮处理下表达量存在差异，其中13个基因表达量差异较大。值得注意的是21个Dof 基因在低氮处理下表达量上调，其中8个基因只在低氮条件下表达。【结论】基于最新版基因组数据鉴定玉米在自交系B73基因组中存在46个Dof基因，Dof基因家族成员参与玉米不同生理发育过程中，部分基因可能在氮代谢调控中发挥积极作用。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵涵		10	91	6.0	9.0