急性病毒性坏死病毒魁蚶株 IAP-86基因全长cDNA 克隆和生物信息学分析

• 作者: 宋晓玲 尹伟力 岳志芹 张帅 王崇明 白昌明 黄倢
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 急性病毒性坏死病毒 魁蚶 细胞凋亡抑制蛋白 cDNA 末端快速扩增技术 生物信息学
• 年，卷（期）: 2015,（1）
• 页码范围: 85-90
• 页数: 6页
• 分类号: S944
• 字数: 5337字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11758/yykxjz.20150113

摘要

为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus, AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能，从感染 AVNV 的濒死魁蚶外套膜中提取总 RNA，反转录获得 cDNA。根据 NCBI公布的 AVNV 全基因组序列中 ORF86序列设计两对反向套式引物，通过 cDNA 末端快速扩增(RACE)技术获得 ORF865￠端和3￠端的非编码区，拼接获得全长 cDNA 序列。Blast 序列比对显示，该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%，与栉孔扇贝 AVNV 的同源性为99%，并存在重叠基因。生物信息学分析预测，该蛋白不含信号肽，不存在跨膜区，最大疏水指数为1.800，最小疏水指数为–3.456。该蛋白存在8个潜在的磷酸化位点(包括5个丝氨酸、1个苏氨酸和2个酪氨酸)，存在 1个潜在的 O-糖基化位点，不存在潜在的 N-糖基化位点；其抗原表位主要集中在8?11、14?16、28?39、75?76、88?95、97?100和147?158位氨基酸。推测该株病毒可能为牡蛎疱疹病毒的变异株，并且基因重叠在该类病毒进化过程中可能扮演重要角色。