根据猪博卡病毒5型NS1基因序列设计引物,建立了基于SYBR Green Ⅰ的用以检测猪博卡病毒5型的实时荧光定量PCR.用该方法检测猪博卡病毒5型NS1基因,在3.64×102~3.64×107 copies/μL范围内有很好的线性关系.扩增产物的熔解曲线仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为(83.12±0.12)℃,对猪圆环病毒(PCV1和PCV2)、猪细小病毒(PPV)、猪输血传播病毒(TTV1和TTV2)的核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.35%~1.24%,组间变异系数为0.43%~1.46%.此方法的建立为定量分析猪博卡病毒5型感染猪的感染程度和靶器官提供了精确检测手段.