基于公共子序列的 OPSM 双聚类算法

• 作者: 傅俊橦 张美珍 李杰进 王杜齐 肖化 薛云 邝秋华
• 来源期刊: 华南师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: OPSM 公共子序列 Deep OPSM 双聚类 STL map
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 计算机与计算机工程
• 页码范围: 165-171
• 页数: 7页
• 分类号: TP311.13
• 字数: 4218字
• 语种: 中文

摘要

OPSM作为一种基于模式的双聚类方法，被广泛应用于基因数据矩阵的分析上．在一个OPSM聚类中，形成聚类的若干基因在特定的条件子集下具有一致的表达模式，其中隐含着基因的关联调控信息，对基因数据矩阵进行双聚类分析具有生物学意义．其中，Deep OPSM 是OPSM 聚类中行数少列数多的特殊聚类．根据OPSM模型，该文提出了一种快速有效的精确性算法，用于挖掘分散在基因数据矩阵中的OPSM聚类．首先寻找基因数据矩阵中任意两行的公共子序列，然后利用STL map对找到的公共子序列进行支持度统计，并将符合支持度阈值的OPSM聚类输出，且通过阈值的设置即可输出Deep OPSMs．结果证明该算法能够快速地找到符合条件的Deep OPSMs．通过P-value值分析，验证了找到的Deep OPSM具有明显的生物学意义．

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖化	华南师范大学物理与电信工程学院	115	924	14.0	27.0
2	薛云	华南师范大学物理与电信工程学院	17	124	5.0	11.0
3	傅俊橦	华南师范大学物理与电信工程学院	1	1	1.0	1.0
4	李杰进	华南师范大学物理与电信工程学院	1	1	1.0	1.0
5	王杜齐	华南师范大学物理与电信工程学院	1	1	1.0	1.0
6	邝秋华	华南师范大学物理与电信工程学院	1	1	1.0	1.0
7	张美珍	华南师范大学物理与电信工程学院	1	1	1.0	1.0