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南京农业大学学报期刊
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苹果CAX基因家族生物信息学和表达分析
苹果CAX基因家族生物信息学和表达分析
作者:
刘帅
张璐
王三红
章镇
竹龙鸣
蔡斌华
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
苹果
MdCAXs基因家族
序列分析
生物信息学
表达分析
摘要:
[目的] CAX(Ca2+/H+exchanger antiporter)是一类重要的跨膜转运蛋白,在植物体内阳离子转运上起着非常重要的作用.本文对苹果MdCAXs基因进行了生物信息学和组织特异性表达分析,以期为该类基因的功能研究奠定基础.[方法]利用生物信息学的方法对苹果MdCAXs基因家族染色体定位、蛋白质等电点、亲疏水性、跨膜区域、亚细胞定位及保守结构域进行了预测和分析,同时还分析了MdCAXs基因与其他物种CAXs基因的进化关系.采用实时荧光定量PCR法对苹果MdCAXs基因在不同盐处理下根、茎、叶中的表达变化进行分析.[结果]苹果MdCAXs家族包含8个成员,分别属于CAXsⅠ型中的A亚型和B亚型,编码436~817个氨基酸,等电点4.97~7.12,且都为疏水性蛋白;所有MdCAXs基因编码的氨基酸都有11个及以上的跨膜区域,含有CAXs基因5个典型的功能域:N-端自抑制区域(NRR)、C-端功能区域、Ca2+功能域(CaD)、C功能域和D功能域.亚细胞定位预测MdCAXs主要是定位在质膜和内质网上.苹果MdCAXs基因具有组织特异性表达特点,不同种类盐处理根、茎、叶中表达发生不同程度的变化,反映了MdCAXs存在功能上的差异,对不同阳离子有特异性的应答反应.[结论]苹果MdCAXs是一类跨膜转运蛋白,具有植物CAXs基因典型的结构特征,根、茎、叶对不同的盐离子具有不同的表达响应.
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文献信息
篇名
苹果CAX基因家族生物信息学和表达分析
来源期刊
南京农业大学学报
学科
农学
关键词
苹果
MdCAXs基因家族
序列分析
生物信息学
表达分析
年,卷(期)
2015,(1)
所属期刊栏目
研究报告
研究方向
页码范围
41-49
页数
分类号
S661.1
字数
语种
中文
DOI
10.7685/j.issn.1000-2030.2015.01.007
五维指标
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节点文献
苹果
MdCAXs基因家族
序列分析
生物信息学
表达分析
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
南京农业大学学报
主办单位:
南京农业大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1000-2030
CN:
32-1148/S
开本:
大16开
出版地:
南京市卫岗1号
邮发代号:
28-53
创刊时间:
1956
语种:
chi
出版文献量(篇)
2940
总下载数(次)
5
总被引数(次)
46407
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