鸡mir-1658前体基因多态性分析

• 作者: 刘铮铸 巩元芳 张传生 朱文进 李祥龙 耿立英 赵书雨 陈娟
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 鸡 gga-mir-1658 二级结构分析 遗传变异
• 年，卷（期）: 2015,（19）
• 所属期刊栏目: 畜牧?兽医?资源昆虫
• 页码范围: 3919-3930
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.19.014

摘要

【目的】研究鸡gga-mir-1658前体区基因遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，分析其对microRNA二级茎环结构和靶基因选择的影响，旨在筛选其中具有潜在生物学功能的变异位点，为进一步揭示其对gga-mir-1658基因表达调控的影响及表型效应奠定基础。【方法】根据鸡gga-mir-1658基因组序列（GenBank登录号：NR_035151.1）设计一对特异性引物，采用PCR产物直接测序的方法，对太行鸡（95只）、北京油鸡（83只）和来航鸡（42只）3个鸡种220只个体的gga-mir-1658基因前体区进行多态性检测。使用DNAman、MEGA和mfold软件进行pre-gga-mir-1658基因组序列的比对分析和二级结构模拟。通过SHEsis软件和Haploview软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。使用miRanda软件对gga-mir-1658的靶基因及其复合物自由能变化进行预测分析。【结果】在pre-gga-mir-1658基因共发现6个变异位点，其中次要等位基因频率≥5％位点有g.28 C＞G、g.31 C＞T、g.70 G＞A和 g.71 G＞–，4个变异位点均定位于gga-mir-1658基因成熟体的种子区。遗传变异特征分析显示，g.70 G＞A 位点表现为低度多态（PIC＜0.25），其余3个位点均表现为中度多态（0.25＜PIC＜0.50）。适合性检验表明，除了来航鸡的g.31 C＞T、g.71 G＞–位点、太行鸡的g.71 G＞–位点以及北京油鸡的g.70 G＞A位点之外，其他变异位点在各鸡种均处于哈代-温伯格平衡状态（P＞0.05）。连锁不平衡和单倍型分析表明，各突变位点之间存在弱连锁平衡；从3个品种鸡中共检测到11种单倍型，其中H1（C C G–）和H11（G T G G）是群体的优势单倍型，频率均大于25%。生物信息学分析表明，种子区的突变可影响gga-mir-1658基因前体二级结构的空间构型和自由能，其中H6单倍型突变体的自由能最高（41.00 kcal·mol-1），H2和H5单倍型突变体的自由能最低（35.70 kcal·mol-1）；群体的优势单倍型H1和H11突变体的自由能分别为-36.10和40.04 kcal·mol-1。gga-mir-1658基因不同单倍型成熟体种子区序列存在差异，在 gga-mir-1658-5p 存在“AUACCAU”、“AUACCAC”2种种子区序列，gga-mir-1658-3p共有“AACUCUG”、“AGCUGUG”、“AACUGUG”和“AGCUCUG”4种种子区序列。针对gga-mir-1658的预测靶基因的生物信息学分析显示，它们主要在基因表达调控、细胞凋亡、免疫系统的发育和B细胞激活等基本生物学过程中显著富集；此外，种子区变化可以影响gga-mir-1658成熟体对靶基因的选择。【结论】（1）gga-mir-1658基因种子区存在4个具有潜在生物学功能和表型效应的突变位点，可组成11种单倍型，其中H1（C C G–）和H11（G T G G）在北京油鸡、太行鸡和来航鸡为优势单倍型。（2）种子区突变影响gga-mir-1658基因前体二级结构的稳定性和靶基因的选择，可能是具有潜在表型效应的重要功能位点。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李祥龙	河北农业大学动物科技学院	65	311	9.0	14.0