分子对接技术筛选抗HIV-1逆转录酶活性化合物

• 作者: 冀树伸 杨柳萌 符林春 罗荣华 郑永唐 黄新安
• 来源期刊: 广州中医药大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 分子对接 HIV-1逆转录酶 虚拟筛选
• 年，卷（期）: 2015,（4）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 725-728
• 页数: 4页
• 分类号: R512.91
• 字数: 2951字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13359/j.cnki.gzxbtcm.2015.04.032

摘要

【目的】通过分子模拟和活性测试筛选非核苷类抗人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）逆转录酶活性化合物。【方法】采用Tripos SYBYL软件Surflex-Dock分子对接模块，模拟SPECS数据库中22000个化合物与HIV-1逆转录酶活性口袋的结合，根据模拟结果分析化合物与HIV-1逆转录酶晶体结构的相互作用模式。对于打分较高与结合模式较优的化合物，采用体外抗HIV-1活性测试方法检测其生物活性。【结果】虚拟筛选结果显示化合物1-（4-fluorophenyl）-3-[2-（1H-indol-3-yl） ethyl] thiourea对接构象与晶体结构中内嵌配体非常接近，它与HIV-1逆转录酶结合口袋重要残基Lys101形成氢键、与保守残基Trp229和芳香残基Tyr181分别形成π-π堆积作用。体外抗HIV-1活性测试结果显示其抑制HIV-1I IB病毒感染的C8166淋巴细胞合胞体形成50%时的浓度即EC50值为5.45μg/mL。【结论】分子对接技术能缩小活性化合物筛选范围，并可用于预测化合物与蛋白质的相互作用模式，本研究利用该技术筛选出活性化合物。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑永唐	中国科学院昆明动物研究所中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室	62	496	13.0	19.0
2	黄新安	广州中医药大学热带医学研究所	14	114	6.0	10.0
3	杨柳萌	中国科学院昆明动物研究所中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室	12	107	6.0	10.0
4	冀树伸	广州中医药大学热带医学研究所	2	7	1.0	2.0
5	罗荣华	中国科学院昆明动物研究所中国科学院和云南省动物模型与人类疾病机理重点实验室	1	6	1.0	1.0