ACLSV山东苹果分离物基因重组及CP序列多样性分析

• 作者: 周常勇 孙现超 时洪伟 李科 荆陈沉 青玲
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 苹果褪绿叶斑病毒 基因组 外壳蛋白 多样性 重组分析
• 年，卷（期）: 2015,（14）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2857-2867
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2015.14.017

摘要

【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒（Apple chlorotic leaf spot virus，ACLSV）山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV 全基因组序列，对其进行分子特征描述，并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析，同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列（GenBank登录号KJ522693），QD-13全长7557 nt，包含3个ORF。构建进化树分析表明，QD-13与日本苹果分离物 B6聚为一簇，二者相似性最高，为85.9%。17条 ACLSV分离物基因组分段比较表明，5′端和3′端差异较大；ORF3保守性相对较高，除分离物Ta Tao 5和MS外，其推导的氨基酸序列相似性均在91.2%以上。ORF1编码区527—665 aa区域保守性差，所比较的17条序列在该区域的相似性为15.4%—59.7%。基因组重组分析以P≤0.05为标准，3种以上算法同时检测到则为有意义重组事件，结果显示，QD-13存在3个重组事件，它们分别发生在6507—6247、6397-6497和3851—4760 nt。扩增QD-15、QD-20和YT-24分离物ACLSV的CP，共获得22条序列，可分为3种类型。对CP氨基酸序列进行比对分析表明，3种类型为不同氨基酸保守位点的组合，分别是 Met60-Ser73-Ser79-Asp82-Asn97-Gly98、Leu59-Met83-Ile193和 Ala40- Leu60-Ala72-Phe75-Ile86-Arg88-Ser130-Gly137-Met184。【结论】报道了中国ACLSV苹果分离物的完整基因组序列；明确了其基因组分子特点并发现了3个主要的潜在重组事件；ACLSV山东苹果分离物CP存在3种序列类型，具有丰富的多样性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周常勇	中国农业科学院柑桔研究所	67	764	16.0	23.0
2	青玲	西南大学植物保护学院/植物病害生物学重庆市高校级重点实验室	47	293	9.0	12.0