甘蓝型油菜RIL群体株高性状的全基因组关联分析

• 作者: 刘越英 唐敏强 张凤启 张园园 程明星 程晓晖 童超波 董彩华 黄静
• 来源期刊: 中国油料作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝型油菜 近等基因系 株高 全基因组关联分析 SNP
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 543-548
• 页数: 6页
• 分类号: S565.403
• 字数: 3174字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7505/j.issn.1007-9084.2016.05.001

摘要

为提高甘蓝型油菜株高的分子标记辅助育种效率,挖掘与株高相关的功能基因以构建理想株型,利用单个重组自交系(RIL)群体在3个环境下的株高表型数据及7 877个SNP标记的基因型分型数据进行全基因组关联分析.在2个或2个以上环境下同时检测到5个与株高显著相关的SNP(Bn-scaff_15794_3-p62430、Bn-A02-p9599263、Bn-A02-p9409799、Bn-A02-p9993945和Bn-A02-p9636219),均位于A02染色体上.比较利用连锁分析方法的QTL定位结果,发现标记Bn-A02-p9599263和Bn-scaff_15794_3-p62430分别位于QTL(qPH2-2和qPH2-4)峰值处,标记Bn-A02-p9636219和Bn-A02-p9993945分别落在QTL(qPH2-3和qPH2-4)2-LOD的置信区间内,标记Bn-A02-p9409799距离QTL(qPH2-2)的置信区间0.3cM.利用关联分析定位的区间(69.5～ 80.7cM)比利用连锁方法定位的QTL区间(60.7～95.9cM)缩小了24cM.依据参考基因组信息,在标记Bn-scaff_15794_3-p62430附近2kb处找到1个与株高性状相关的候选基因(GSBRRNA2T00090973001).结果表明,单个RIL群体进行全基因组关联分析可以对连锁QTL分析结果进行补充,缩小QTL置信区间.