树鼩脂肪转录组SNP位点发掘及其功能注释

• 作者: 仝品芬 代解杰 余波 匡德宣 孙晓梅 李娜 王文广 罕园园 陆彩霞
• 来源期刊: 实验动物科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 树鼩 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 13-19
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 4284字
• 语种: 中文

摘要

从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记.检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene (5.75％)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition) 177 562个,颠换(transversion) 85 509个.在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85％和33.66％.将包含SNP位点的262 980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1 187个有GO注释、77个有COG注释和1 080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记.