基于转录组测序的茄子SSR标记开发

• 作者: 刘富中 张映 连勇 陈钰辉 魏明明
• 来源期刊: 植物遗传资源学报
• 关键词: 茄子 转录组 SSR 引物 多态性
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 基因挖掘
• 页码范围: 1082-1091
• 语种: 中文
• DOI: 10.13430/j.cnki.jpgr.2016.06.017

摘要

应用Trinity软件对茄子转录组测序数据组装,得到总长度为47919660 bp的45404条Unigenes,MISA从中检索到8316个SSR位点,发生频率为18.32％,平均5.63 kb一个位点.SSR位点中单碱基重复类型最多,为5372个,占到64.60％;其次为三碱基重复1628个,占到19.58％.三碱基重复中AAG/CTT是优势重复单元,占三碱基重复数的31.6％;二碱基重复中AG/CT是优势重复单元,占二碱基重复数的42.3％.利用Primer 3设计引物,共得到858对SSR引物,随机选取100对引物对17份茄子材料进行扩增,结果表明:有84对可以扩增出条带清晰的片段,有47对引物扩增片段为多态性片段.对47对多态性引物进行分析,多态性信息含量范围为0.10 ～0.64,平均多态性信息含量为0.32,UPGMA聚类分析可将17份材料分为3类.以上结果表明,基于茄子转录组测序开发的SSR标记可以为茄子的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富的标记来源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	连勇	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	65	1276	22.0	33.0
2	刘富中	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	58	1113	20.0	32.0
3	陈钰辉	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	45	744	17.0	26.0
4	张映	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	27	234	10.0	14.0
5	魏明明	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	1	25	1.0	1.0