辣椒VQ基因家族的鉴定与低温胁迫下的表达分析

• 作者: 刘峰 张亚利 樊悦 欧阳娴 童巧珍 罗娟 谢玲玲
• 来源期刊: 湖南中医药大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 辣椒 VQ基因家族 鉴定 低温胁迫表达分析
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 11-19
• 页数: 9页
• 分类号: R286|S641.3
• 字数: 4931字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-070X.2016.07.003

摘要

目的：从辣椒（Capsicum annuum L.）全基因组中鉴定VQ基因，并进行基因结构、基因进化、染色体定位以及组织表达和低温诱导表达分析。方法利用辣椒基因组数据库，通过生物信息学方法，鉴定辣椒基因（CaVQ）家族成员；利用MEME、GSDS 2.0、DNAMAN8、MapInspect 等软件进行基因结构及染色体定位分析；采用MEGA6.0软件进行系统进化树分析；利用RNA-seq数据及qRT-PCR的方法进行辣椒组织表达模式和低温胁迫分析。结果辣椒全基因组中含有29个CaVQ基因；CaVQ基因结构相对简单，不均匀地分布在辣椒各染色体上；CaVQ基因家族分为2组(GroupⅠ和GroupⅡ)及6个亚组(GroupⅠa、GroupⅠb、GroupⅠc、GroupⅡa、GroupⅡb和GroupⅡc)；不同组织中CaVQ基因的表达量具有一定差异，低温胁迫可抑制或激活部分CaVQ基因表达量。结论 CaVQ基因家族包括29个成员，分为2组，6个亚组，分布于10条染色体上，其组织表达模式及基因响应具有多样性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘峰	湖南省农业科学院蔬菜研究所	24	98	6.0	9.0
2	谢玲玲	湖南省农业科学院西瓜甜瓜研究所	14	39	4.0	5.0
3	欧阳娴	湖南省农业科学院蔬菜研究所	8	16	3.0	3.0
4	童巧珍	湖南中医药大学药学院	98	767	14.0	22.0
5	张亚利	湖南中医药大学药学院	12	29	3.0	5.0
6	樊悦	湖南中医药大学药学院	7	16	3.0	3.0
7	罗娟	湖南中医药大学药学院	12	84	5.0	9.0