大豆HMGR基因家族的鉴定与表达分析

• 作者: 刁秀楠 岳爱琴 张永坡 斛如媛 杜维俊 王敏 赵晋忠 高春艳
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 大豆 HMGR基因家族 生物信息学 表达分析
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传改良与栽培
• 页码范围: 9-16
• 页数: 8页
• 分类号: S529
• 语种: 中文
• DOI: 10.13842/j.cnki.issn1671-8151.201901050

摘要

[目的]3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是大豆皂苷合成途径的关键酶之一.从全基因组水平鉴定大豆HMGR基因家族并进行生物信息学和表达模式分析,为研究和利用大豆HMGR基因家族生物学功能奠定基础.[方法]根据Pfam数据库中HMGR基因的保守结构域(编号PF00368),利用HMMER3.0、PFAM和SMART软件鉴定大豆基因组中的HMGR基因.采用ProtParam等软件对其基因和蛋白序列进行生物信息学分析.利用qRT-PCR方法分析GmHMGR基因在苗期根、茎、叶等不同组织中和籽粒不同发育时期的表达情况.[结果]大豆基因组中鉴定得到8个GmHMGR基因,分布于8条染色体上,编码80～608个氨基酸,相对分子质量介于8.23～64.96 kD,理论等电点变化为4.89～8.24,二级结构中α螺旋和无规则卷曲所占比重较大,具有保守的基因结构和蛋白功能域.qRT-PCR分析表明,相比于其它GmH MGR基因,GmH MGR6在苗期根、茎、叶中高度表达,籽粒发育过程中GmH MGR3基因在开花后40 d表达水平最高,开花后70 d大豆的成熟籽粒中GmH MGR 6的表达丰度最高.[结论]大豆基因组中含有8个HMGR基因,具有保守的功能结构域和基因结构.GmH MGR基因家族在苗期根、茎、叶及不同发育时期籽粒中具有多样化的组织表达模式和时空表达特征.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	岳爱琴	山西农业大学农学院	37	373	9.0	19.0
2	赵晋忠	山西农业大学文理学院	51	202	8.0	13.0
3	王敏	山西农业大学农学院	30	713	8.0	26.0
4	杜维俊	山西农业大学农学院	42	312	12.0	16.0
5	张永坡	山西农业大学文理学院	15	11	2.0	3.0
6	高春艳	山西农业大学文理学院	13	3	1.0	1.0
7	刁秀楠	山西农业大学文理学院	2	0	0.0	0.0
8	斛如媛	山西农业大学林学院	1	0	0.0	0.0