中国桑属15个种 RAD-seq 高通量测序

• 作者: 任艳红 刘凯旋 刘玲 吕银 柯皓天 王茜龄 陈仁芳 陈祥平
• 来源期刊: 蚕学通讯
• 关键词: 中国桑属 RAD-seq SNP 标记 系统发育
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 10-16
• 页数: 7页
• 字数: 2686字
• 语种: 中文

摘要

利用 RAD-seq 对中国桑属15个种进行了高通量测序,总共得到36.72Gb clean data,总 Tags 数2788927(reads),平均每个种原始数据都在10M 以上,Tags 都在20万条以上,质量值Q30都在90%以上。用 Stacks 软件对15个种进行比对,获得68904个 SNPs 位点。用最大似然法建树,分支图首先将白桑、广东桑分出,接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑,再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑,最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开；可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型,长穗桑、奶桑属进化类型；山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支,自检支持率99%,黑桑、川桑这两个种被分在一个分支,自检支持率56%,长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支,自检支持率100%,说明这些种之间有较近的亲缘关系,桑属 RAD-seq 测序能大规模筛查 SNPs 位点,系统发育分析的准确性就更加可靠。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈仁芳	西南大学生物技术学院	20	62	4.0	7.0
2	陈祥平		72	135	5.0	7.0
3	柯皓天		49	61	4.0	5.0
4	刘玲		19	8	1.0	2.0
5	吕银		26	27	3.0	3.0
6	刘凯旋		8	10	2.0	2.0
7	王茜龄	西南大学生物技术学院	27	280	9.0	16.0
8	任艳红	西南大学生物技术学院	3	6	2.0	2.0