饲料VD3水平对黄颡鱼转录组差异基因表达的影响

• 作者: 冯美惠 段鸣鸣 王春芳 陈沛
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 黄颡鱼 维生素D3 转录组分析 基因表达
• 年，卷（期）: 2016,（9）
• 页码范围: 1289-1298
• 分类号: S963.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20151110165

摘要

为研究饲料中添加维生素D3对黄颡鱼基因表达的影响,实验基于RNA-Seq技术对用添加不同水平维生素D3[0(VD0),1243(VD2),22 700(VD20) IU/kg]的饲料喂养的黄颡鱼肾脏和小肠的转录组数据进行分析.通过对305 568982条原始reads的筛选和排除,得到了83265条unigenes,平均长845.38 nt,N50为1620 nt.利用Blast等相关软件对数据进行深度分析,得到功能注释基因共29 224个.根据GO富集分析发现,差异表达基因主要集中在细胞过程、代谢通路、生物调控等通路中,KEGG pathway富集分析结果显示,代谢通路涉及基因最多,有1532个.相对于对照组,添加1243和22 700 IU/kg的VD3(VD0 vs VD2/VD0vs VD20)可得到共同上下调基因共380个,其中上调基因266个,下调基因114个;3种水平下共同上下调的基因共21个,其中上调基因4个,下调基因17个.研究表明,在饲料中添加不同浓度维生素D3会对黄颡鱼的生长代谢和生物调控等相关基因表达产生影响,且不同浓度实验组,相关基因的表达存在差异.本实验通过对差异表达基因的后续分析及预测,为黄颡鱼的生长代谢及疾病预防等方面的研究提供了丰富的数据来源.