贝类全基因组遗传育种评估与分析系统的开发

• 作者: 包振民 王师 王扬帆 胡晓丽 苏海林
• 来源期刊: 中国海洋大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 贝类育种 全基因组选择 网络育种系统
• 年，卷（期）: 2016,（10）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 65-72
• 页数: 8页
• 分类号: Q38
• 字数: 7509字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20150358

摘要

为在贝类育种工作中推广应用准确率高于传统系谱资料最佳线性无偏估计方法的全基因组选择育种评估技术,以实现全基因组选择算法的MixP软件为核心,结合国内贝类育种项目研究,本研究设计开发了一套以网站服务形式为基础的基因组选择网络育种平台.该系统在Ubuntu Linux环境下使用MySQL数据库和基于Java编程语言的服务器端动态页面(Java Server Pages,JSP)技术开发完成,主要包括系统公告、综合查询、信息维护、任务管理、育种评估、选种选配等6个功能模块,能够完成数据模拟,性状测量记录的储存和查询,遗传参数估计,分子标记效应估计从而计算基因组估计育种值,以及选种选配方案定制等主要工作.系统在可行性测试中分析了98个栉孔扇贝,包括2个亲本和96个子代的壳长数据和基因型信息,计算出分布于全基因组的单个苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)分子标记效应以及个体的估计育种值,并简单计算出估计育种值与表型值的相关系数为0.703 9.这些结果表明系统运行正常.该系统在贝类育种工作中的推广和应用能够有效提升行业的整体技术水平,推动中国贝类育种工作的发展.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	包振民	中国海洋大学海洋生命学院	63	1149	20.0	32.0
2	胡晓丽	中国海洋大学海洋生命学院	9	84	4.0	9.0
3	王师	中国海洋大学海洋生命学院	6	82	4.0	6.0
4	苏海林	中国海洋大学海洋生命学院	1	3	1.0	1.0
5	王扬帆	中国海洋大学海洋生命学院	3	5	2.0	2.0