利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

• 作者: 欧阳克蕙 温庆琪 熊小文 瞿明仁 许兰娇 高雨飞
• 来源期刊: 动物营养学报
• 学科: 农学
• 关键词: 锦江牛 瘤胃细菌 多样性 MiSeq测序
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 244-248
• 页数: 5页
• 分类号: S823|S852.2
• 字数: 2967字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-267x.2016.01.031

摘要

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重（400±20） kg]，采集瘤胃液样品后提取细菌DNA，对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4～V5区进行MiSeq测序，分析物种的丰度、分布及α－多样性。结果表明：3个样本共获得56763条高质量16S rDNA 序列，946个分类操作单元（ OTU），锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841，α－多样性指数Shan-non指数、Simpson指数分别为4．96、0．0215；经过物种注释，15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平，拟杆菌门（ Bacteroidetes）（64．37％）、厚壁菌门（ Firmicutes）（21．20％）和变形菌门（Proteobacteria）（7．59％）数量最多；在纲水平，主要包括拟杆菌纲（Bacte-roidia）（ 52．88％）和梭菌纲（ Clostridia）（ 17．03％）；在科水平，主要包括普雷沃氏菌科（ Prevotel-laceae）（ 36．26％）、瘤胃菌科（ Ruminococcaceae ）（ 9．33％）和毛螺菌科（ Lachnospiraceae ）（4．89％）；在属水平，优势细菌主要包括普雷沃氏菌属（Prevotella）（28．97％）、帕拉普氏菌属（Paraprevotella）（3．08％）、理研菌属（Rikenella）（2．28％）、梭菌＿Ⅳ（Clostridium Ⅳ）（1．77％）、解琥珀酸菌属（ Succiniclastium）（ 1．62％）和瘤胃球菌属（ Ruminococcus）（ 1．53％）。结果证明，锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低；锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门，其次是厚壁菌门；普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	瞿明仁	江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心	304	2219	23.0	32.0
2	欧阳克蕙	江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心	107	761	15.0	22.0
3	许兰娇		36	166	7.0	11.0
4	温庆琪	江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心	19	76	5.0	7.0
5	熊小文	江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心	28	161	8.0	12.0
6	高雨飞	江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心	3	22	2.0	3.0