内参基因加标法定量土壤微生物目标基因绝对拷贝数

• 作者: 张志剑 曹萍麟 王行
• 来源期刊: 微生物学通报
• 关键词: 土壤 含水率 DNA得率 定量PCR 绝对定量 内参基因 腐殖酸抑制
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 生物实验室
• 页码范围: 424-433
• 语种: 中文
• DOI: 10.13344/j.microbiol.china.150702

摘要

[目的]通过荧光定量PCR技术对土壤微生物目标基因进行绝对定量,其定量结果的准确性容易受到DNA提取得率以及腐殖酸抑制性的影响.[方法]采用内参基因加标法,利用构建的突变质粒DNA,对供试水稻土壤样品中的微生物16S rRNA目标基因的绝对拷贝数进行荧光定量PCR检测,用来表征该样品中细菌群落总体丰度.在定量前通过双向引物扩增方法验证突变质粒中的内参基因对供试土壤的特异性.[结果]不同水稻土壤样品的DNA提取量在样品间差异较大.通过内参基因加标法对DNA提取量进行校正,显著提高了16S rRNA基因绝对定量的精确度.不同水稻土壤样品间的变异系数为17.8,与未加标处理相比降低了66.7％.在此基础上,进一步通过内参基因加标法对土壤有机质和含水率均呈现典型空间特征差异的6处亚热带湿地土壤样品中的16S rRNA基因进行绝对定量.16S rRNA基因绝对拷贝数与土壤微生物生物量碳具有显著的线性相关性(R2=0.694,P＜0.001),表明内参校正后的16S rRNA基因绝对拷贝数可以准确反映单位质量土壤中微生物的丰度.[结论]内参基因加标法可以对DNA提取得率以及腐殖酸对PCR扩增的抑制性进行校正,从而提高绝对定量的准确性.基于内参基因加标法的目标基因绝对定量PCR检测,可作为土壤微生物生物量测量,以及微生物功能基因绝对丰度定量的一种核酸检测方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王行		9	48	4.0	6.0
3	张志剑	浙江大学环境科学研究所环境与资源学院	34	879	15.0	29.0
6	曹萍麟		1	3	1.0	1.0