川贝母转录组密码子使用偏好性分析

• 作者: 匡雪君 孙超 李滢 陈士林
• 来源期刊: 中国中药杂志
• 关键词: 川贝母 转录组 密码子使用偏好性
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 资源与鉴定
• 页码范围: 2055-2060
• 语种: 中文
• DOI: 10.4268/cjcmm20161114

摘要

研究川贝母表达基因的密码子的使用模式,探讨其密码子使用偏好性特点,为运用基因工程技术实现贝母碱的异源生物合成提供理论依据.以川贝母转录组9 843条全长转录本序列为数据来源,使用CodonW软件对川贝母表达基因的密码子GC含量特点、有效密码子数和同义密码子相对使用频率各项参数进行计算、统计,分析发现,川贝母表达基因密码子偏好程度整体水平不高.该研究确定了15个密码子为川贝母最优密码子UUG,CUU,AUU,GUU,UCA,CCU,CCA,ACU,ACA,GCA,UAU,CAU,AAU,AGA和GGA,最优密码子偏好A/T结尾.计算结果显示26个川贝母生物碱合成相关基因中大肠杆菌和酿酒酵母稀有密码子所占比例较低.根据稀有密码子比例,逐个分析26个关键酶基因在大肠杆菌和酿酒酵母体系中表达时可采用的密码子优化方案.该研究为通过合成生物学手段异源合成川贝母生物碱奠定了前期研究基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙超	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	28	393	11.0	19.0
2	李滢	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	15	302	9.0	15.0
3	陈士林	中国中医科学院中药研究所	71	1298	18.0	35.0
4	匡雪君	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	9	106	6.0	9.0