中华按蚊化学感受蛋白(CSP)家族基因的全基因组鉴定和特征分析

• 作者: 何正波 梅婷 王婷婷 王小婷 陈斌
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 中华按蚊 化学感受蛋白 全基因组鉴定 生物信息学 基因特征 系统发育
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 生理与生化
• 页码范围: 136-147
• 页数: 12页
• 分类号: Q966
• 语种: 中文
• DOI: 10.16380/j.kcxb.2017.02.002

摘要

[目的]在全基因组水平鉴定中华按蚊Anopheles sinensis化学感受蛋白(chemosensory protein,CSP)家族基因,预测该家族基因的特征,研究代表性双翅目昆虫CSP基因的系统发育和进化.[方法]在NCBI数据库中下载CSP氨基酸序列作为询问序列,通过Blast和HMM方法在全基因组水平搜索和鉴定中华按蚊、冈比亚按蚊An.gambiae、埃及伊蚊Aedes aegypti和致倦库蚊Culexquinquefasciatus的CSP家族基因并命名;通过生物信息学方法预测中华按蚊CSP家族基因的特性(基因结构、基因组定位、剪切模式、Ka/Ks比值)、保守结构域和蛋白质结构等;通过MEGA软件用最大似然法(maximum likelihood,ML)推断该家族基因的系统发育.[结果]中华按蚊、冈比亚按蚊、埃及伊蚊和致倦库蚊基因组分别有8,8,43和27个CSP家族基因.中华按蚊CSP家族基因(AsCSPs)都有全长的转录组序列,编码116(AsCSP7)～335(AsCSP5)个氨基酸;7个AsCSPs分布于Scaffold51上,AsCSP8分布于Scaffold116;AsCSP1～AsCSP8分别有3,2,1,1,1,2,1和2个选择性剪切模式;AsCSP3的表达量最高,其FPKM值达到385.46.AsCSPs的N端信号肽由17 ～ 37个氨基酸组成,均含有4个保守的半胱氨酸位点(CYS68,CYS75,CYS94和CYS97),这些位点界定了两个二硫键(CYS68-CYS75和CYS94-CYS97).系统发育分析结果显示,4种蚊虫的8个CSP基因各自形成明显的支系,被命名为组CSP] ～ CSP8(CSP]-CSP8 group).埃及伊蚊和致倦库蚊分别有35和18个CSP基因形成了一个不为按蚊所共有的特殊支系,被命名为Culicinae-specific组.替换率结果显示,中华按蚊与冈比亚按蚊同源基因对的Ka/Ks值都小于1,说明CSP家族基因在进化过程中主要是受到纯化选择作用.[结论]本研究为蚊虫,特别是中华按蚊基因组CSP家族基因提供了信息框架,为进一步开展该家族基因的功能研究奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梅婷		1	3	1.0	1.0
2	何正波		1	3	1.0	1.0
3	王小婷		1	3	1.0	1.0
4	王婷婷		1	3	1.0	1.0