基因组时代的计算微生物学

• 作者: 左光宏 郝柏林
• 来源期刊: 中国科学（生命科学）
• 关键词: 原核生物 亲缘树 分类系统 不用序列联配的基因组比较 CVTree LVTree
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 评述
• 页码范围: 159-170
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1360/N052016-00312

摘要

微生物基因组和RNA序列构成生物学数据的重要部分.从基因组出发而且不用序列联配的CVTree和基于16S rRNA序列联配的LVTree,是两套原始数据和计算过程相互独立的构建原核生物亲缘树和分类系统的途径.这两套途径的自动化,使亲缘关系和分类系统成为大数据分析的副产品,可以帮助后继乏人的分类学摆脱困境.特别是基于基因组的CVTree,既提供了大范围研究的工具,又在种以下具有16S rRNA序列分析所不能企及的高分辨力,可以提出和解决一批新问题,开辟若干新方向.本文是相关研究工作的扼要综述.