龙眼miR171家族进化特性及其表达分析

• 作者: 崔彤彤 张梓浩 徐小萍 曾友竞 林玉玲 程春振 赖钟雄 陈晓慧 陈裕坤
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 龙眼 miR171 生物信息学 实时荧光定量
• 年，卷（期）: 2017,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 258-265
• 页数: 8页
• 分类号: Q786|S667.2
• 字数: 4515字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7606/j.issn.1000-4025.2017.02.0258

摘要

为了解龙眼miR171家族的进化特性及其功能,该研究以龙眼mRNA和miRNA数据库中获得的miR171家族7个前体序列(pre-miRNA)和9条成熟体序列为基础进行生物信息学预测和表达分析.mfold预测显示,pre-miR171家族成员均能形成典型二级结构,其最小折叠自由能(dG)介于-39.37~-55.13 kal/mol,且家族成员中除pre-miR171-scaffold112和pre-miR171f-scaffold38外,其他成员包含的成熟序列与vvi-miR171a、ptc-miR171f以及ctr-miR171等成熟体完全匹配.NJ进化树分析发现,龙眼pre-miR171家族与柑橘、毛果杨具有较高相似性.psRNAtarget靶标预测显示,龙眼miR171家族的主要靶标为Scarecrow-like 6,与其他植物的miR171靶标相同.实时荧光定量PCR分析表明,pre-miR171家族成员均在龙眼雄花中表达提高,而在果实中表达量降低.研究认为,龙眼miR171家族在进化过程中具有高度保守性,在龙眼生长发育过程中主要参与雄花形成.