甘蔗钙依赖蛋白激酶基因克隆与序列分析

• 作者: 吴凯朝 徐林 曹辉庆 李秋凤 蒋胜理 邓智年 陆珍 陈丽君 魏源文 黄诚梅
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 甘蔗 钙依赖蛋白激酶基因(CDPK) 克隆 序列分析 生物信息学预测
• 年，卷（期）: 2017,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 574-580
• 页数: 7页
• 分类号: S566.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2017.04.002

摘要

[目的]克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础.[方法]根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构、信号肽及保守结构域等进行预测分析.[结果]克隆获得的ScCDPK1基因完整编码区大小1650 bp,编码549个氨基酸,相对分子量61.971 kD,等电点(pI)6.78,不稳定指数35.63.同源性和遗传进化树分析结果显示,ScCDPK1基因与小麦TaCPK7基因亲缘关系最近,同源性达88%;ScCDPK1蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域(可变区、蛋白激酶区、自抑制区和钙离子结合区),其二级结构主要由α螺旋(42.80%)和无规则卷曲(32.97%)构成;蛋白功能分类预测结果显示,ScCDPK1蛋白是一种阳离子通道蛋白,可能参与植物胁迫应答、信号转导和翻译调控等生物反应.[结论]ScCDPK1基因编码的蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域,是一种阳离子通道蛋白.