香樟MK基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 宋丽 岳永德 张瑶瑶 曹先爽 汤锋 王煜炜 王进 马晓江
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 香樟 甲羟戊酸激酶 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 2302-2309
• 页数: 8页
• 分类号: Q946.5
• 字数: 5165字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2017.12.017

摘要

本研究基于香樟转录组测序数据,设计特异性引物进行扩增,应用反转录RT-PCR技术,克隆获得香樟合成甲羟戊酸激酶(Mevalonate kinase,MK)的开放读码框ORF序列全长.根据Gibison同源重组的方法将目的基因克隆至pSMART-LCKan载体上,将鉴定为阳性的重组质粒进行测序分析以及生物信息学分析.测序结果表明:CcMK基因ORF全长为1 194 bp,编码397个氨基酸.理化分析可知CcMK蛋白分子式为C1852H3027N487O574S17,相对分子质量为41 845.34,等电点为5.30.CcMK蛋白是一个定位于细胞质,不含信号肽的亲水性稳定蛋白,且含有保守结构域GHMP激酶家族特异性的N末端和C末端.分子进化树分析结果表明,香樟CcMK蛋白与红掌、川贝母、野芭蕉、海枣、油棕等植物的蛋白处于同一分支上,亲缘关系较近.利用实时荧光定量PCR方法检测CcMK基因在香樟的叶、茎和根中的表达情况,结果表明,CcMK基因在香樟的叶中表达丰度最高.本研究首次从香樟中克隆了CcMK基因,并对其进行了生物信息学分析,为进一步研究CcMK基因在香樟萜类合成途径中的作用奠定了理论基础.