平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选与体系建立

• 作者: 朱利泉 李清 杨丹 王贵禧 马庆华
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 平欧杂种榛 实时荧光定量PCR 内参基因 稳定性 体系建立
• 年，卷（期）: 2017,（12）
• 所属期刊栏目: 研究简报
• 页码范围: 2399-2410
• 页数: 12页
• 字数: 6979字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2017.12.020

摘要

[目的]构建中国榛属植物主要栽培种平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系,并筛选稳定的内参基因,为榛属植物的基因表达分析提供内参基因,进而为其植物资源利用和创新育种研究提供理论基础.[方法]利用课题组前期对平欧杂种榛不同亲和性授粉、授粉后不同时间的雌蕊转录组测序数据,结合相关文献搜索,共选取1 2个候选内参基因;以平欧杂种榛主栽品种‘达维’的盛花期雌蕊、未伸长期雄花序、幼嫩叶片、花粉、一年生枝形成层、嫩茎、根尖、根蘖等8个不同组织器官为研究材料;通过反转录PCR初筛,实时荧光定量PCR检测表达量,并利用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct程序和RefFinder在线网站评价内参基因的稳定性.[结果]反转录PCR初筛表明,12个候选内参基因引物的特异性良好,ChaSTP5和Cha TF在不同组织器官材料中表达存在明显差异,其余候选内参基因在8个组织中均有表达.实时荧光定量PCR的表达谱分析表明,Ch18S rRNA的表达量最高,ChaSTP5表达量最低,其余1 0个候选内参基因均为中等表达量;ChaSTP5和Cha TF的稳定性最差,其余1 0个候选内参基因的稳定性处于中等水平.geNorm、NormFinder、BestKeeper和Delta Ct的结果表明,ChaActin均排名第一,为最稳定的内参基因,Ch1 SS rRNA的排名均在前五,而其他候选内参基因在不同程序分析结果中的排名存在差异.稳定性综合分析表明,ChaActin和Ch18S rRNA的稳定性良好,即在8个不同组织器官中表达量均一且在4个稳定性分析程序中均排名靠前,适合作为内参基因;geNorm程序的变异系数分析则表明,选取6个内参基因便可对RT-qPCR的数据进行精准的标准化处理;相关性分析表明,4个程序均在0.01水平上呈现显著的相关性,NormFinder和Delta Ct程序的相关性最高,Delta Ct与BestKeeper的相关性最低.[结论]建立了平欧杂种榛实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系:以反转录PCR初筛引物,荧光定量PCR分析引物特性及基因表达,4个程序单独评价引物稳定性,RefFinder综合分析选出最适稳定内参基因,并选出榛属植物8个不同组织器官中最为稳定的2个内参基因ChaActin和Ch18S rRNA.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨丹	西南大学农学与生物科技学院	60	221	7.0	13.0
2	朱利泉	西南大学农学与生物科技学院	66	505	13.0	19.0