基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析

• 作者: 唐培安 薛昊 袁明龙 陶冶心
• 来源期刊: 植物保护
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组 高通量测序 螟蛾科 微卫星 分子标记
• 年，卷（期）: 2017,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 43-48,75
• 页数: 7页
• 分类号: Q968.1
• 字数: 4750字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0529-1542.2017.03.007

摘要

基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性.用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证.结果表明含EST-SSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52％,平均每13 kb中就出现1个EST-SSR.共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21％、39.84％、25.43％.除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次.在66对印度谷螟EST-SSR引物中,有28对PCR扩增成功.这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟EST-SSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据.