滇重楼GAox基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 孙鹏 廖登群 张梦幻 李先恩 祁建军
• 来源期刊: 中国现代中药
• 关键词: 滇重楼 GA氧化酶 基因克隆 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2017,（9）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 1211-1220
• 页数: 10页
• 字数: 5096字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13313/j.issn.1673-4890.2017.9.002

摘要

目的:克隆编码滇重楼赤霉素合成代谢途径中关键酶GA氧化酶(Gibberellic oxidase,GAox)的全长cDNA序列,并进行生物信息学分析.方法:根据滇重楼转录组测序序列,设计特异性PCR引物,利用RT-PCR技术扩增目标基因编码区的全长序列连接至pMD18-T载体上,进行序列测定及序列同源性比较分子系统进化树构建、结构域搜索及蛋白质三维结构预测等生物信息学分析.结果:成功克隆了滇重楼的的6条GAox基因,大小在1000 bp左右,分别命名为PpGA2ox1、PpGA2ox2、PpGA2ox3、PpGA2ox4、PpGA20ox1和PpGA3ox1.6条基因分别属于GA氧化酶三个不同的亚家族.滇重楼GAox蛋白氨基酸数量均在300～ 400,理论等电点在4～7左右,带正电荷.PpGA2ox1、PpGA2ox2和PpGA2ox4为不稳定蛋白,PpGA2ox3、PpGA20ox1和PpGA3ox1为稳定蛋白,均为没有跨膜结构域和信号肽的亲水蛋白.除了PpGA2ox1亚细胞定位在叶绿体,其他蛋白均定位在细胞质.滇重楼GAox蛋白与不同物种同源序列的序列相似性较高,保守性比较强.结论:首次从滇重楼中克隆了6条GAox基因并对其进行了初步的生物信息学分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	祁建军	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	59	458	12.0	19.0
2	李先恩	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	110	1048	17.0	27.0
3	孙鹏	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	30	233	9.0	14.0
4	廖登群	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	9	39	4.0	6.0
5	张梦幻	中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所	1	1	1.0	1.0