全基因组混合模型关联分析的极速回归扫描法研究

• 作者: 李淑玲 杨润清 赵敬丽 高进
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 全基因组混合模型关联分析 极速线性模型拟合函数 微效多基因遗传力 最大似然估计 基因组回归扫描
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 58-66
• 页数: 9页
• 分类号: Q348
• 字数: 5297字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-9369.2018.07.007

摘要

在全基因组混合模型关联分析(GWMMAS)中,利用剩余多基因遗传力代替方差比值(剩余多基因方差/误差方差),将多基因遗传力求解限制在(0,1)区间内.引入R语言RcppArmadillo程序包中的极速线性模型拟合函数(fastLmPure函数)快速估计单核苷酸多态性(SNP)效应和完整LMM最大似然值.从由GBLUP估计的性状基因组遗传力出发,逐个高通量SNP的GWMMAS约需4次全基因组回归扫描.当仅关注EMMAX法估计的大效应或高显著水准标记时,GWMMAS运行时间缩短在两次扫描之内.与采用lm函数优化剩余多基因方差比的FaST-LMM法相比,极速回归扫描法可成倍提高GWMMAS计算效率.计算机模拟试验证实新方法统计和计算效率,运用极速回归扫描法可高效定位与牙鲆生长性状相关基因位点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李淑玲	东北农业大学生命科学学院	30	133	7.0	10.0
2	杨润清	南京农业大学无锡渔业学院	13	47	5.0	6.0
4	高进	南京农业大学无锡渔业学院	3	6	2.0	2.0
5	赵敬丽	南京农业大学无锡渔业学院	1	2	1.0	1.0