基于芯片微阵列数据库对无精子症相关基因挖掘及生物信息学分析

• 作者: 代冉冉 刘平 毛向明 潘兆君 邓楠 邹自灏 郑文忠
• 来源期刊: 中华腔镜泌尿外科杂志（电子版）
• 关键词: 无精子症 数据库 生物信息学 精子 基因 富集分析
• 年，卷（期）: 2018,（5）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 347-351
• 页数: 5页
• 字数: 3146字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3877/cma.j.issn.1674-3253.2018.05.014

摘要

目的 从分子水平探讨非梗阻性无精子症的发病机制,为临床诊疗提供新思路.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载人非梗阻性无精子症的相关基因芯片数据,使用R语言对其进行归一化处理并筛选差异表达基因;使用DAVID及KEGG数据库对其进行差异基因本体功能及信号通路富集分析;通过Cytoscape绘制差异基因共表达网络并使用CytoHubba插件计算筛选核心基因(hub基因);最后使用ClueGo及Centiscape对核心基因进行富集分析.结果R语言筛选出518个差异表达基因,其中上调基因271个、下调基因247个;本体功能及信号通路富集分析结果提示这些差异基因在精子发生、精子染色质凝聚、精子顶体膜及囊泡形成、精卵细胞识别、细胞分化、ATP偶联及转录因子结合等生物学过程中发挥重要作用;差异基因共表达网络分析发现GAPDHS,PCSK4,TSSK1B,TSSK2等hub基因在精子发生及分化过程中发挥关键作用.结论 通过多维度挖掘GEO基因芯片数据并系统分析其内在信息,对明确非梗阻性无精子症发病的分子机制具有重要意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	毛向明	南方医科大学珠江医院泌尿外科	67	409	11.0	17.0
2	邓楠	广州医科大学附属第三医院泌尿外科	6	22	2.0	4.0
3	刘平	广州医科大学附属第三医院泌尿外科	11	27	3.0	4.0
4	潘兆君	广州医科大学附属第三医院泌尿外科	5	8	2.0	2.0
5	邹自灏	南方医科大学珠江医院泌尿外科	1	1	1.0	1.0
6	代冉冉	南方医科大学珠江医院泌尿外科	1	1	1.0	1.0
7	郑文忠	广州医科大学附属第三医院麻醉科	1	1	1.0	1.0