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一种泊松-玻尔兹曼方程稳定算法的高效有限元并行实现
一种泊松-玻尔兹曼方程稳定算法的高效有限元并行实现
作者:
徐进
邓维山
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
并行计算
线性方程组
泊松-玻尔兹曼方程
有限元方法
拟时间方法
摘要:
泊松-玻尔兹曼方程(Poisson-Boltzmann Equation,PBE)是广泛应用于溶剂化生物分子静电分析的隐式溶剂化模型.本文在原有有限元软件基础上对近来提出的基于高阶有限元求解PBE的无条件稳定方法[9]设计并实现了一种高效的并行计算方法.无条件稳定方法对PBE拟时间迭代求解,避开了强非线性导致的不稳定性.基于非结构化四面体网格本文设计实现了基于代数分解的求解稀疏线性方程组的高效并行模型.规模可扩展至6400 CPU核,并行效率达到近86%.大规模并行迭代求解线性方程组是计算科学领域的共性问题,它的高效并行实现不仅对实际生物分子静电分析提供了很好的基础,也可扩展至其他各应用领域.
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一种泊松-玻尔兹曼方程稳定算法的高效有限元并行实现
来源期刊
数值计算与计算机应用
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并行计算
线性方程组
泊松-玻尔兹曼方程
有限元方法
拟时间方法
年,卷(期)
2018,(2)
所属期刊栏目
研究方向
页码范围
91-110
页数
20页
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语种
中文
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徐进
中国科学院软件研究所
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邓维山
中国科学院软件研究所
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主办单位:
中国科学院数学与系统科学研究院
出版周期:
季刊
ISSN:
1000-3266
CN:
11-2124/TP
开本:
16开
出版地:
北京市海淀区中关村东路55号
邮发代号:
2-413
创刊时间:
1980
语种:
chi
出版文献量(篇)
771
总下载数(次)
2
总被引数(次)
3531
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