马转录因子TBX3基因的密码子使用偏好性分析

• 作者: 任秀娟 宋海燕 白东义 芒来 苏少锋 赵一萍 赵若阳 陶克涛
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 马 TBX3基因 密码子偏好性 聚类分析
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 页码范围: 53-65
• 页数: 13页
• 分类号: S821.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2018.07.07

摘要

为了解马TBX3基因的密码子使用特性,为选择该基因最佳的受体以及合适的异源表达系统提供依据,利用CHIPS、CUSP、Codon W等软件对NCBI公布的马TBX3基因(GenBank登录号为XM 014742147.1)的密码子使用情况进行分析,并将其与马的10个肢体生长和肢体形态形成相关基因、模式生物基因组以及其他物种TBX3基因进行比较.结果表明:马TBX3基因偏好使用G/C结尾的密码子,存在19种偏好使用的密码子(RSCU＞ 1.20),其中:GCC、CTG、AGC和GTG偏好性较强(RSCU＞2.00);10个马相关基因在20种偏好密码子中偏好性较强的只有CTG,1 7种密码子偏好G/C结尾;通过比较30种动物的TBX3基因密码子偏好性,发现其TBX3基因表达水平一般,并且密码子偏好G/C结尾;基于RSCU值和CDS序列的聚类分析发现,奇蹄目的家马与食肉目的家猫、北极熊聚在一起,可见系统进化树更接近这30个物种的真实系统分类;在密码子的使用频率上,小鼠更适合作为马TBX3基因的外源表达宿主.本研究可为TBX3基因在动物遗传育种改良中选择适合的宿主动物、筛选最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供依据.