白及GMP基因cDNA全长克隆及生物信息学分析

• 作者: 李小泉 林茜 桂杰 石云平 胡一凤 苏祖祥 许娟 韦绍龙
• 来源期刊: 西南农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 白及 GMP 基因克隆 序列分析
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源
• 页码范围: 1104-1110
• 页数: 7页
• 分类号: S567.2
• 字数: 4960字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2018.6.002

摘要

[目的]克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(BsGMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据.[方法]基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析.[结果]从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 kDa,理论等电点为6.03.进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体.蛋白三级结构预测显示,BsGMP蛋白有11个α螺旋,33个B折叠,46个B转角;该蛋白第1～24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256～335个氨基酸含有LbetaH家族保守区.BLAST多重序列分析表明,BsGMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95％和92％.[结论]成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(BsGMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础.