基于RNA-Seq五指山猪背最长肌基因表达差异分析

• 作者: 刘圈炜 刘海隆 孙瑞萍 晁哲 王峰 邢漫萍 郑心力 魏立民 黄丽丽
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 五指山猪 基因表达 基因结构 可变剪接 新转录本
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产
• 页码范围: 193-197
• 页数: 5页
• 分类号: S828|Q78
• 字数: 3791字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13331/j.cnki.jhau.2018.02.015

摘要

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析.经过质量控制,分别得到65683578条(6月龄)和65464156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20102、25719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18206、18374个;朋6、8 月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28670、32940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6932个(6月龄)和7110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2785、2950个基因3'端发生了延伸,4147、4160个基因5'端发生了延伸;分别筛选出103250个(6月龄)和110545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多.