创伤弧菌TF3全基因组包含的CRISPR-Cas系统及MGIVvuTF3基因岛分析

• 作者: 丁雄祺 云龙 田雨顺 罗鹏 胡超群
• 来源期刊: 微生物学报
• 关键词: CRISPR cas基因 基因岛 创伤弧菌
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1266-1273
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20170402

摘要

[目的]分析创伤弧菌(Vibrio vulnificus)全基因组框架序列,挖掘感兴趣的遗传位点,探索其是否具有CRISPR系统及其特征.[方法]在病虾体内分离获得了一株创伤弧菌TF3,通过Illumina Miseq测序得到基因组框架序列.经注释分析发现其基因组中存在一个CRISPR-Cas系统,命名为CRISPR-CasTF3,进一步分析发现CRISPR-CasTF3位于一个基因岛上,将该基因岛命名为MGIVvuTF3.对CRISPR-CasTF3及MGIVvuTF3的特征和来源进行了分析.[结果]CRISPR-CasTF3属于与大肠杆菌类似的I-E型CRISPR-Cas系统,CRISPR-CasTF3包括8个cas基因,其排列为cas3-cas8e-cse2-cas6-cas7-cas5-cas1-cas2;具有50个重复序列,每二个重复序列间为一个Spacer序列.MGIVvuTF3具有attL和attR序列,含有位点特异性整合、剪切、转移相关的基因.MGI VvuTF3与霍乱弧菌O395基因组中的一个基因岛MGIVch0395具较高相似性,二者最显著的差别在于Spacer序列完全不同,以及各有几个非保守的预测基因.[结论]MGIVvuTF3及CRISPR-CasTF3极有可能通过基因水平转移获得,并且CRISPR-CasTF3系统可以借助MGIVvuTF3实现水平转移.