石首鱼科海洋鱼类DNA条形码的构建

• 作者: 丁棒棒 丁艳菲 朱诚 王熠 蒋芝华
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 石首鱼 DNA条形码 COI 鉴定
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 673-680
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2018.04.0673

摘要

为筛选石首科鱼类物种鉴定的最优DNA条形码,本试验对大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼4种鱼类71份样本的细胞色素氧化酶亚基I(COI)、线粒体控制区(D-loop)和16S rRNA 3种基因序列进行PCR扩增和测序,分析比较各基因序列比对鉴定能力、种内和种间差异、barcoding gap检验以及序列多态性.结果表明,3种候选DNA条形码序列的种间遗传距离均高于种内遗传距离,符合作为DNA条形码的基本要求.通过遗传差异和barcoding gap检验分析发现,C0I和D-loop区适合作为鉴定大黄鱼、小黄鱼、黄姑鱼和棘头梅童鱼4种石首科鱼类的DNA条形码;16S rRNA基因存在一定的缺陷,但是D-loop区和16S rRNA基因序列可能存在比C0I通用序列更为有效的DNA条形码区域.考虑引物通用性,推荐C0I基因作为最适DNA条形码.本研究结果为海洋鱼类的快速鉴定提供了一定的参考依据.