苦瓜MAP30基因克隆与单倍型分析

• 作者: 刘子记 朱婕 杨衍 牛玉 申龙斌
• 来源期刊: 云南农业大学学报（自然科学）
• 学科: 农学
• 关键词: 苦瓜 MAP30 抗病毒 单倍型
• 年，卷（期）: 2018,（2）
• 所属期刊栏目: 园林园艺
• 页码范围: 272-278
• 页数: 7页
• 分类号: S642.503.2
• 字数: 3801字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12101/j.issn.1004-390X(n).201706039

摘要

[目的]以揭示苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型为目的,为研究MAP30基因表达调控机制提供参考.[方法]以34份苦瓜初级核心种质为材料,参考苦瓜基因组序列,克隆MAP30基因,利用多种生物信息学软件分析苦瓜MAP30完整基因结构及单倍型.[结果]苦瓜MAP30基因全长920 bp,包括52bp的5’-UTR,7bp的3’-UTR,861 bp的ORF,无内含子序列,编码286个氨基酸.系统进化分析表明:MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白亲缘关系较远,MAP30蛋白在苦瓜属植物中保守性较强.通过比较34份苦瓜种质资源MAP30基因序列,共发现6个SNP位点,第1个SNP位于5’-UTR区,其余5个SNP位于编码区.SNP分组发现:34份苦瓜种质资源MAP30基因共存在3种单倍型.3种单倍型编码的氨基酸序列比对显示:共存在3个氨基酸变异位点,分别是第2位M/V、第69位R/H、第74位N/D,3个氨基酸变异位点分别对应于第2、3、4 SNP位点,第5、6 SNP位点并未引起氨基酸的改变.[结论]本研究克隆了MAP30完整基因结构并分析了MAP30蛋白与葫芦科其他植物的RIPs蛋白的亲缘关系,另外分析了不同苦瓜种质MAP30基因SNP分布情况及单倍型种类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱婕	海南大学热带农林学院	20	54	4.0	6.0