基于疾病数据库的文本挖掘工具对比研究

• 作者: 侯跃芳 徐畅 李毅 王雪 赵船 郭鑫
• 来源期刊: 中华医学图书情报杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 疾病数据库 文本挖掘工具 疾病候选基因 比较研究 实证研究
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 专题
• 页码范围: 10-15
• 页数: 6页
• 分类号: TP311.13|R-058
• 字数: 4685字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3982.2018.06.002

摘要

目的:对比分析几种基于疾病数据库的文本挖掘工具,总结各自特点.方法:选择eRAM、PhenUMA、Gendoo、G2D 4种工具进行对比分析.以Rett综合征为例进行实证研究,筛选与其关联性较高的基因,并结合先验知识做出预测.结果:eRAM、PhenUMA知识库功能全面,可视化效果好.通过实证研究得到Rett综合征相关基因,并结合PubMed、UniProt等数据库中的先验知识推测出基因EGR2、CDKL5、BCHE、DLX5与Rett综合征相关.结论:基于疾病数据库的文本挖掘工具可以有效预测疾病的相关基因,预测疾病、表型、基因间相似和相关关系,有助于疾病的诊断及治疗.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯跃芳	中国医科大学医学信息学院	28	208	8.0	13.0
2	王雪	中国医科大学医学信息学院	40	127	6.0	9.0
3	徐畅	中国医科大学医学信息学院	6	2	1.0	1.0
4	郭鑫	中国医科大学医学信息学院	6	21	3.0	4.0
5	李毅	中国医科大学医学信息学院	7	24	2.0	4.0
6	赵船	中国医科大学医学信息学院	1	0	0.0	0.0