基于生物信息学方法对抑郁小鼠长期服用氟西汀后差异基因表达的分析

• 作者: 张宇 徐勇 李建国 杨姣 赵欣 高丽娟
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: GEO数据库 抑郁症 生物信息学
• 年，卷（期）: 2018,（3）
• 所属期刊栏目: 基础医学
• 页码范围: 240-246
• 页数: 7页
• 分类号: R749
• 字数: 3882字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2018.03.006

摘要

目的 以GEO数据库中GSE6476系列芯片数据为分析对象,结合生物信息学方法分析氟西汀长期作用下抑郁小鼠海马相关基因的表达情况. 方法 利用R语言与Bioconductor、DAVID、STRING、Uniprot等方法对差异基因进行了筛选和分析. 结果 得到144个差异基因,其中上调基因111个,下调基因33个(logFC＞1,P＜0.05).经GO分析发现这些差异基因中有14个参与生物过程(BP),16个参与细胞组成(CC),9个参与分子功能(MF).Pathway通路分析发现,差异基因主要集中在甘油酯代谢、N-聚糖的生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢途径、花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢、氧化磷酸化等通路,进一步分析,78个差异基因的蛋白产物间存在相互作用,并筛选到Vim、Bdnf、Npy、Gfap、Penk、Fosb、Cd44、Timpl、Lgalsl等核心基因,这些基因在神经肽信号通路、女性妊娠、树突和神经发育等生物功能中充当了重要的角色. 结论 氟西汀长期作用前后抑郁小鼠海马基因表达有较大差异性,通过核心基因的筛选为揭示抑郁症的基因靶向治疗指导提供了重要的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵欣	山西医科大学生理学系	44	148	6.0	9.0
5	张宇	山西医科大学生理学系	55	163	6.0	9.0
9	徐勇	山西医科大学第一医院精神科	95	386	10.0	15.0
10	李建国	山西医科大学生理学系	30	50	3.0	5.0
14	高丽娟	山西医科大学生理学系	5	5	2.0	2.0
18	杨姣	山西医科大学基础医学院解剖教研室	3	4	2.0	2.0