人IDE基因启动子生物信息学分析

• 作者: 胡旺平 金科华 陈娇娥 陈红霞 鲍思元
• 来源期刊: 华中师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学分析 IDE基因 5'调控区 转录因子 启动子
• 年，卷（期）: 2018,（4）
• 页码范围: 525-531
• 页数: 7页
• 分类号: R394.3
• 字数: 4395字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19603/j.cnki.1000-1190.2018.04.015

摘要

对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000 bp序列.Promoter 2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80％、85％、90％、95％、100％时,JASPAR预测该序列存在51 70、1 771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80％,搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法,LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个,包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛,位于1 303～1 705 bp之间,大小为403 bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析,为下一步基因表达调控实验奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈红霞	湖北科技学院基础医学院	22	88	5.0	9.0
2	金科华	湖北科技学院基础医学院	10	10	3.0	3.0
3	鲍思元	湖北科技学院糖尿病心脑血管病变湖北省重点实验室	6	16	2.0	3.0
7	陈娇娥	湖北科技学院基础医学院	1	1	1.0	1.0
8	胡旺平	湖北科技学院基础医学院	1	1	1.0	1.0