转录组分析组蛋白去乙酰化酶抑制剂TSA对毛白杨悬浮细胞表达谱的影响

• 作者: 刘雅琳 张永卓 李慧 陆海
• 来源期刊: 北京林业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 转录组 悬浮细胞 TSA 毛白杨 组蛋白去乙酰化
• 年，卷（期）: 2018,（9）
• 所属期刊栏目: 林学
• 页码范围: 1-14
• 页数: 14页
• 分类号: S718.43|S792.117|Q786
• 字数: 8804字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13332/j.1000-1522.20180158

摘要

组蛋白去乙酰化酶HDAC具有调节细胞增殖、诱导细胞分化、凋亡的作用,是近年生物学研究热点之一,而在木本植物方面的作用却鲜有报道.[目的]本实验用组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A(Trichostatin A,TSA)对杨树悬浮细胞进行处理,通过改变细胞的组蛋白乙酰化水平,来探讨其对基因表达谱变化的影响.[方法]用0.5μmol/L的TSA处理悬浮细胞,10 d后收集材料用于RNA-Seq分析,比较经过TSA处理与对照组的悬浮细胞之间转录组表达差异情况.[结果]通过显微镜观察发现,对照组细胞呈均匀椭圆形,而经过TSA处理后的细胞出现圆形及长条形细胞.通过转录组分析得到4465个差异表达基因(DEGs),其中2363个基因上调,2102个基因下调.差异表达基因主要富集在细胞周期、苯丙素生物合成、细胞壁结构成分和乙酰化相关等途径.[结论]通过分析TSA处理和对照组的悬浮细胞基因表达差异,发现TSA通过影响组蛋白乙酰化水平直接或间接影响细胞生长、细胞壁组分和细胞周期的相关基因,为认识组蛋白乙酰化对植物生长发育的影响提供依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陆海	北京林业大学生物科学与技术学院	69	729	14.0	24.0
2	李慧	北京林业大学生物科学与技术学院	55	290	8.0	16.0
3	张永卓	北京林业大学生物科学与技术学院	4	9	1.0	3.0
4	刘雅琳	北京林业大学生物科学与技术学院	2	1	1.0	1.0