花生FAD基因家族的全基因组鉴定与表达模式分析

• 作者: 万书波 单雷 孟静静 彭振英 李新国 郭峰 阮建
• 来源期刊: 山东农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 花生 脂肪酸去饱和酶(FAD) 生物信息学分析 表达模式 可变剪接
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 生物技术·遗传育种·种质资源
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: S565.2|Q7
• 字数: 5526字
• 语种: 中文
• DOI: 10.14083/j.issn.1001-4942.2018.06.001

摘要

脂肪酸去饱和酶(FAD)是合成不饱和脂肪酸的关键酶,在植物维持各项生命活动、应对生物与非生物胁迫方面具有重要作用.本研究对花生基因组中的FAD基因家族进行鉴定与生物信息学分析,并利用花生转录组数据对花生FAD(AhFAD)基因的表达模式及可变剪接形式进行分析.结果显示,在花生基因组中共有31 个AhFAD基因,分为6类,AhSAD基因亚家族有12条序列,AhFAD2有6 条序列,AhFAD3有4条序列,AhFAD4/5有3条序列,AhFAD6有2条序列,AhFAD7/8有4条序列.聚类分析表明,AhFAD有两大分支:游离AhSAD分支和膜结合AhFAD分支;膜结合AhFAD分支中AhFAD4/5 起源最早,ω-3 AhFAD由ω-6 AhFAD进化而来;单双子叶聚类于不同分支.表达模式分析表明,AhSAD、AhFAD2 和AhFAD3 在种子中表达水平较高,AhFAD4/5、AhFAD6、AhFAD7/8在叶中表达量最高.可变剪接分析表明,AhFAD亚家族之间可变剪接形式差异明显,其中有12个AhFAD基因发生了可变剪接.TTS和TSS是发生最多的可变剪接事件,其次是IR,最少的是AE和ES.