大猿叶甲转录组测序及生物学信息分析

• 作者: 倪鹤嘉 史琛琛 张金波 李海涛 李阳阳 沙君雪 迟宝岩 高继国
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大猿叶甲 转录组测序 SSR分子标记
• 年，卷（期）: 2018,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 978-986
• 页数: 9页
• 分类号: S186
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2018.06.008

摘要

大猿叶甲(Colaphellus bowringi)是一种常见的蔬菜害虫,由于目前其全基因组尚未公布,各种相关基因信息无法得知,导致大猿叶甲基因功能研究进展缓慢.本研究利用新一代高通量测序技术结合生物信息学分析,获得了大猿叶甲完整的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRP125298.共获得40 489条Unigenes,利用Blast X比对NCBI蛋白数据库(NCBI Non-redundant Protein Sequences,NR)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)、Swiss-Prot蛋白质序列数据库(Manually Annotated and Reviewed Protein Sequence Database,Swiss-Prot)、蛋白质家族的集合数据库(Protein Family,Pfam)、NCBI核酸序列数据库(NCBI Nucleotide Sequences,NT)、基因本体数据库(Gene Ontology,GO)、真核生物蛋白质同源簇数据库(euKaryotic Ortholog Groups,KOG),对所有Unigenes进行注释,结果显示共计19 955个Unigenes得到注释.分别有17 437、4 158、6 817、12 129、15 890、8 641、11 416个Unigenes注释到上述公共数据库.对所有Unigenes进行SSR分析发现,共计2 992个SSR存在于2 692条Unigenes上,平均长度14.61 bp.其中单核苷酸和三核苷酸所占比例最大,分别为65.51％和21.76％,二者分别以A/T和TTA/TAA重复基元为主(分别占94.95％和8.45％).研究发现共有115种重复基元,其中二、三、四核苷酸重复基元分别有12、60、38种;基序重复频率介于5～50次,基序长度主要分布于10～20 bp.本研究通过对大猿叶甲转录组原始数据的获得,为种属鉴定及遗传多样性的分析提供基础资料.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李海涛	东北农业大学生命科学学院	53	381	9.0	18.0
5	李阳阳	东北农业大学生命科学学院	3	11	2.0	3.0
6	张金波	东北农业大学生命科学学院	6	36	4.0	6.0
7	沙君雪	东北农业大学生命科学学院	3	9	2.0	3.0
8	史琛琛	东北农业大学生命科学学院	3	9	2.0	3.0
9	迟宝岩	东北农业大学生命科学学院	2	9	2.0	2.0
10	倪鹤嘉	东北农业大学生命科学学院	1	5	1.0	1.0